
จุดเริ่มต้นและตัวละครใหม่:
ภาพยนตร์เปิดเรื่องด้วยการแนะนำ ชาโดว์ เดอะ เฮดจ์ฮ็อก (Shadow the Hedgehog) ซึ่งถูกปลุกจากการจำศีล 50 ปีในฐานลับของ G.U.N. (Guardian Units of Nations) นอกชายฝั่งญี่ปุ่น เขาถูกเปิดตัวพร้อมกับอดีตอันน่าเศร้าที่เชื่อมโยงกับ ศาสตราจารย์เจอร์รัลด์ โรบอทนิก (Gerald Robotnik) ปู่ของดร.โรบอทนิก และ มาเรีย (Maria) หลานสาวของเจอร์รัลด์ที่ชาโดว์ผูกพันด้วย แต่ถูกสังหารโดย G.U.N. ในอดีต ทำให้ชาโดว์เต็มไปด้วยความแค้นต่อมนุษยชาติ
ในขณะเดียวกัน โซนิค, เทลส์, และนัคเคิลส์ กำลังใช้ชีวิตอย่างสงบสุขในกรีนฮิลส์กับทอมและแมดดี้ วาโชว์สกี แต่แล้ว ผู้อำนวยการร็อคเวลล์ของ G.U.N. ก็ปรากฏตัวขึ้นและขอให้ “ทีมโซนิค” เข้าไปช่วยจับกุมชาโดว์ที่กำลังสร้างความเสียหายในโตเกียว

การเผชิญหน้าและพันธมิตรที่ไม่คาดคิด:
ทีมโซนิคเดินทางไปโตเกียวและเผชิญหน้ากับชาโดว์ แต่พบว่าพลังของชาโดว์เหนือกว่าที่พวกเขาเคยเจอมามากนัก ชาโดว์เป็นตัวละครที่แข็งแกร่ง มืดหม่น และไร้ความปราณี เขาบาดเจ็บทอม (พ่อบุญธรรมของโซนิค) ในระหว่างการปะทะ ทำให้โซนิคโกรธจัดและเริ่มสงสัยในความสามารถของทีม
หลังจากนั้น พวกเขาพบกับ ดร.อีโว โรบอทนิก (Dr. Ivo Robotnik / Eggman) ที่ดูเหมือนจะหมดอำนาจไปแล้ว แต่แท้จริงแล้วเขาได้ร่วมมือกับ ศาสตราจารย์เจอร์รัลด์ โรบอทนิก ปู่ของเขา ซึ่งถูกจองจำมานาน 50 ปี เจอร์รัลด์ผู้บ้าคลั่งจากความสูญเสียมาเรีย ต้องการใช้ Eclipse Cannon (ปืนใหญ่สุริยคราส) ที่เป็นสถานีอวกาศขนาดใหญ่เพื่อทำลายโลกและล้างแค้นมนุษย์ทุกคนที่พรากมาเรียไป
ทีมโซนิค (โซนิค, เทลส์, นัคเคิลส์) จึงจำเป็นต้องจับมือเป็นพันธมิตรชั่วคราวกับดร.โรบอทนิกและเอเจนต์สโตน เพื่อหยุดยั้งชาโดว์และเจอร์รัลด์ โรบอทนิก ซึ่งต้องการปลดปล่อยพลังงานทำลายล้างโลก

บทสรุปและการต่อสู้ครั้งสุดท้าย:
- แผนการของเจอร์รัลด์: เจอร์รัลด์ โรบอทนิก เปิดเผยว่าเขาตั้งใจจะทำลายล้างโลกทั้งหมด ไม่ใช่แค่ทำลาย G.U.N. อย่างที่อีโวเข้าใจ
- การแปลงร่างซูเปอร์โซนิคและซูเปอร์ชาโดว์: ในการต่อสู้ครั้งสุดท้ายบน Eclipse Cannon โซนิคใช้พลังของ Master Emerald (และ Chaos Emeralds ที่ซ่อนอยู่ข้างใน) เพื่อแปลงร่างเป็น ซูเปอร์โซนิค และชาโดว์เองก็ใช้พลังของ Chaos Emeralds เพื่อแปลงร่างเป็น ซูเปอร์ชาโดว์ ทั้งคู่ปะทะกันอย่างดุเดือด
- โซนิคช่วยชาโดว์: ระหว่างการต่อสู้ โซนิคเกือบจะกำจัดชาโดว์ได้ แต่เขาตระหนักว่าความโกรธแค้นกำลังครอบงำเขาเช่นเดียวกับชาโดว์ โซนิคบอกชาโดว์ถึงเรื่องราวการสูญเสียลองคลอว์ (แม่บุญธรรมของเขา) และเน้นย้ำว่าความรักที่พวกเขามีต่อคนที่จากไปนั้นสำคัญกว่าการแก้แค้น ชาโดว์เข้าใจและเปลี่ยนใจ หันมาร่วมมือกับโซนิคเพื่อหยุดยั้งเจอร์รัลด์
- การเสียสละของดร.โรบอทนิกและชาโดว์: ดร.โรบอทนิกต่อสู้กับปู่ของเขา เจอร์รัลด์ และด้วยความช่วยเหลือจากเทลส์และนัคเคิลส์ เจอร์รัลด์ก็ถูกทำลายไปในแหล่งพลังงานของ Eclipse Cannon เมื่อพลังงานของ Eclipse Cannon เริ่มไม่เสถียรและจะระเบิด ชาโดว์และดร.โรบอทนิกตัดสินใจเสียสละตัวเอง พวกเขาพยายามบังคับให้ Eclipse Cannon เคลื่อนที่ออกไปจากวิถีโคจรของโลก แม้ว่ามันจะทำให้ส่วนหนึ่งของดวงจันทร์เสียหายไปบ้างก็ตาม ก่อนที่มันจะระเบิดไปพร้อมกับพวกเขา
- ชัยชนะและการกลับสู่ปกติ: โซนิค เทลส์ และนัคเคิลส์สามารถรอดชีวิตกลับมาได้ และได้กลับมารวมตัวกับทอมและแมดดี้ที่ปลอดภัย (แม้ทอมจะบาดเจ็บเล็กน้อย) พวกเขาใช้ชีวิตอย่างสงบสุขและจบลงด้วยการแข่งขันวิ่งเล่นกันอีกครั้ง

ฉากหลังเครดิต (Post-Credits Scenes):
ภาพยนตร์มีฉากหลังเครดิตสองฉากที่สำคัญ:
- การเปิดตัวเอมี่ โรส และ Metal Sonic: ในฉากแรก โซนิคถูกโจมตีโดยกองทัพของ Metal Sonic (หุ่นยนต์โซนิค) ในนิวยอร์ก แต่แล้วเขาก็ได้รับความช่วยเหลือจากร่างเงาที่มาพร้อมค้อนขนาดใหญ่ ซึ่งเผยให้เห็นว่าเป็น เอมี่ โรส (Amy Rose) ตัวละครยอดนิยมจากเกม! นี่เป็นการปูทางสำหรับภาพยนตร์ภาคต่อไปที่อาจนำเรื่องราวจากเกม “Sonic CD” มาดัดแปลง
- การรอดชีวิตของชาโดว์: ฉากหลังเครดิตที่สองแสดงให้เห็นว่า ชาโดว์ เดอะ เฮดจ์ฮ็อก รอดชีวิต จากการระเบิดของ Eclipse Cannon เขาปรากฏตัวขึ้นบนโลกและเก็บกำไลควบคุมพลังงานของเขา (Inhibitor Rings) ที่ตกลงมาจากฟ้า เป็นการยืนยันว่าชาโดว์จะกลับมาในอนาคต อาจจะในฐานะพันธมิตรของโซนิค
สรุปการสปอยล์:
Sonic the Hedgehog 3 เป็นภาพยนตร์ที่นำเสนอเรื่องราวของ Shadow the Hedgehog ได้อย่างเต็มที่ โดยสำรวจปมในอดีต ความแค้น และการไถ่บาปของเขา หนังมีฉากแอ็คชั่นที่ยิ่งใหญ่ การต่อสู้ของ Super Sonic และ Super Shadow ที่แฟนๆ รอคอย รวมถึงการเสียสละที่น่าประทับใจของ Dr. Robotnik และการเปิดตัวตัวละครสำคัญอย่าง Amy Rose และ Metal Sonic เพื่อปูทางสู่จักรวาล Sonic Movie ที่ขยายใหญ่ขึ้นในอนาคต